Relativamente à estrutura da organização, a instituição é regulada pelo Órgão Soberano da Assembleia Geral, a Direcção e o Conselho Fiscal.
A Direcção é constituída por cinco elementos que dispõem de um Órgão Consultivo composto pelo Conselho Técnico-Pedagógico, que engloba os Coordenadores de cada valência e Psicóloga, sendo responsável pelas orientações e acções pedagógicas desenvolvidas pela instituição de acordo com os Estatutos e o Regulamento Interno da mesma.
As coordenadoras e as suas equipas, das três valências, interagem entre si e dependem da Direcção em termos de gestão administrativo-financeira, mas são autónomas ao nível da gestão pedagógica.